Nośnikami kosztów rejestrowanymi pakiecie sapico-NET są koszty związane z realizacją zadań (koszty zadaniowe), koszty dotyczące eksploatacji wyposażenia (koszty rzeczowe), koszty prowizji (koszty osobowe) i koszty realizacji usług u dostawców (koszty operacyjne). Pakiet umożliwia zdefiniowanie rodzajów kosztów dla poszczególnych typów zadań i eksploatacji wyposażenia. Koszty prowizji są automatycznie określane przy rozliczaniu sprzedaży dla kanału sprzedaży bezpośredniej i pośredniej. Koszty operacyjne są określane poprzez obliczenie kosztów realizacji działania dla poszczególnych usług klientów i/lub bezpośrednie wpisanie wartości zagregowanych kosztów od dostawców.

System dla odczytanych płatności wykonuje automatyczne kojarzenie z należnościami klienta. Jeżeli kwota i opis transakcji nie umożliwia jednoznacznego skojarzenia z należnością, system próbuje algorytmów podobieństw danych. Algorytm uwzględnia rozliczanie w pierwszej kolejności należności najwcześniejszej. Dla każdej skojarzonej płatności prezentuje poziom dopasowania.

Algorytmy kojarzenia i dopasowania uwzględniają nadpłaty i niedopłaty klientów i zapłatę kilku faktur jednocześnie.

Obok procesów automatycznych jest także możliwość ręcznego kojarzenia płatności i należności. Dla każdej faktury w systemie można określić jakie płatności stanowią jej rozliczenie i w jakim procencie. Możliwe jest określenie częściowego rozliczenia płatnością faktury. Dla każdej płatności system prezentuje jakie faktury są przez nią rozliczane i w jakim procencie.

Wszystkie płatności ręcznie rozliczone mają odpowiednie oznaczenie. System umożliwia także filtrowanie list wg. tak skojarzonych płatności.

Pakiet sapico-NET umożliwia naliczanie różnych rodzajów prowizji: od pozyskania klienta, od ruchu klienta, prowizję menedżerską i inne. Każda prowizja może dysponować indywidualnymi stawkami dla pracowników lub partnerów. Elastyczny mechanizm reguł naliczeń prowizji oparty o silnik reguł biznesowych oraz zastosowana koncepcja zdarzeń prowizyjnych pozwalają na łatwe wdrażanie zmian w sposobie naliczeń prowizji, dostosowanych do sytuacji rynkowej i podpisywanych umów z partnerami.ą

Proces zaczytywania i kojarzenia płatności kończy się podsumowaniem informującym o liczbie przeczytanych i dopasowanych do należności transakcji. Oprócz tego system zapewnia monitorowanie wskaźników i raportów, mówiących o stopniu skojarzenia i wykonywanych ręcznie skojarzeniach płatności i należności.