Płatności klientów są wykonywane na zdefiniowane dla każdego konta klienta subkonto. Plik z płatnościami klientów jest zaczytywany przez system i następuje analiza jego struktury i zawartości. Struktura pliku jest sprawdzana z uprzednio wprowadzoną przy konfiguracji systemu definicją. Dzięki definicji pakiet sapicoNet wie w jakich polach oryginalnego pliku można spodziewać się danych identyfikujących subkonto klienta i wykonaną płatność. Każdy odczytany wiersz z transakcją jest analizowany i przypisywany odpowiedniemu klientowi.

System dla odczytanych płatności wykonuje automatyczne kojarzenie z należnościami klienta. Jeżeli kwota i opis transakcji nie umożliwia jednoznacznego skojarzenia z należnością, system próbuje algorytmów podobieństw danych. Algorytm uwzględnia rozliczanie w pierwszej kolejności należności najwcześniejszej. Dla każdej skojarzonej płatności prezentuje poziom dopasowania.

Algorytmy kojarzenia i dopasowania uwzględniają nadpłaty i niedopłaty klientów i zapłatę kilku faktur jednocześnie.

Obok procesów automatycznych jest także możliwość ręcznego kojarzenia płatności i należności. Dla każdej faktury w systemie można określić jakie płatności stanowią jej rozliczenie i w jakim procencie. Możliwe jest określenie częściowego rozliczenia płatnością faktury. Dla każdej płatności system prezentuje jakie faktury są przez nią rozliczane i w jakim procencie.

Wszystkie płatności ręcznie rozliczone mają odpowiednie oznaczenie. System umożliwia także filtrowanie list wg. tak skojarzonych płatności.

Proces zaczytywania i kojarzenia płatności kończy się podsumowaniem informującym o liczbie przeczytanych i dopasowanych do należności transakcji. Oprócz tego system zapewnia monitorowanie wskaźników i raportów, mówiących o stopniu skojarzenia i wykonywanych ręcznie skojarzeniach płatności i należności.